Nach dem Tode Otto Hahns ging sein privater Nachlass an den Enkel Dietrich Hahn. Bereits in den 1980 Jahren trat dieser bei der Suche nach einer geeigneten Aufbewahrungsstätte an die Stadt Frankfurt, den Geburtsort Otto Hahns, heran. Frankfurt erwog zunächst, eine eigene Otto-Hahn-Gedenkstätte zu errichten. Hier sollte der Nachlass verwahrt, in Ausstellungen präsentiert und Forschungen betrieben werden. Diese Idee musste aber aus finanziellen Erwägungen aufgegeben werden, auch weil kein geeigneter Standort und Träger für die Gedenkstätte gefunden werden konnte. Ende der 1990er Jahre trat dann die Ernst Max von Grunelius-Stiftung in die Verhandlungen ein, um den privaten Nachlass des bedeutenden Nobelpreisträgers für die Stadt Frankfurt zu erhalten. 2002 wurde ein Kaufvertrag zwischen der Stiftung und Dietrich Hahn für den privaten Nachlass Otto Hahns abgeschlossen. Der wissenschaftliche Nachlass war in der Zwischenzeit an das Archiv der Max-Planck-Gesellschaft in Berlin übergegangen.
Der umfangreiche private Nachlass wurde zunächst dem Physikalischen Verein übergeben, in dessen Räumlichkeiten in der Robert-Mayer-Straße unter dem Namen „Otto Hahn-Zentrum“ ein Wissenschaftszentrum errichtet werden sollte. Aus verschiedenen Gründen konnte dieses Projekt jedoch nicht realisiert werden. Deshalb übertrug schließlich die Ernst Max von Grunelius-Stiftung den privaten Nachlass dem Frankfurter Institut für Stadtgeschichte als Dauerleihgabe. Ausschlaggebend für diese Entscheidung war u.a., dass im Institut für Stadtgeschichte als Archiv der Stadt Frankfurt geeignetes Personal für die fachgerechte Bearbeitung und Betreuung des Nachlasses sowie geeignete Magazinräumlichkeiten zur Verfügung standen. Am 8. Dezember 2010 wurde der Depositalvertrag abgeschlossen.
Die umfangreiche Sammlung an persönlichen Dokumenten, Gegenständen und aufschlussreichen Briefwechseln des Nobelpreisträgers und Ehrenbürgers von Frankfurt wurde im Rahmen verschiedener Ausstellungen und Vorträge im Holzhausenschlösschen, erstmals im Frühjahr 2001, präsentiert. In der von der Frankfurter Bürgerstiftung herausgegebene Schriftenreihe „Mäzene, Stifter, Stadtkultur“ ist zudem eine Biographie Otto Hahns erschienen. Die Publikation ist im Jahr 2005 zum 125. Geburtstag Otto Hahns veröffentlicht worden. Der Autor Klaus Hoffman bietet darin eine Überarbeitung der 1978 zuerst erschienenen Biographie und schildert auch den Konflikt zwischen wissenschaftlicher Forschung und persönlicher Verantwortung, unter dem Otto Hahn litt.
Seit 2010 wird die Sammlung im Institut für Stadtgeschichte verwahrt. Durch Initiative und Finanzierung durch die Ernst Max von Grunelius-Stiftung wurden wesentliche Teile des Bestandes seit dem aufwendig digitalisiert und in einem Online-Portal der wissenschaftlichen Forschung zugänglich gemacht.
Clemens Greve (Hrsg.), Klaus Hoffmann: Otto Hahn - Forschung und Verantwortung, „Mäzene, Stifter, Stadtkultur“, Schriften der Frankfurter Bürgerstiftung und der Ernst Max von Grunelius-Stiftung, Band 6, Verlag Waldemar Kramer GmbH, Frankfurt am Main, 2005, 240 Seiten mit Abbildungen, ISBN-10: 3 7829 0560 1, ISBN-13: 978 3 7829 0560 2
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